1905–1968: Γ.Σ. Διαγόρας Ρόδου
Η ποδοσφαιρική ομάδα του Γ.Σ. Διαγόρα δημιουργήθηκε το 1905. Η ομάδα είχε στην κατοχή της μία μπάλα προϊόν δωρεάς του Νικολάου Ασπράκη και μία άλλη, δωρεά κι αυτή του Εμμανουήλ Δημητριάδη.

Διάλυση από τις κατοχικές Ιταλικές αρχές (1929)
Το 1929 οι κατοχικές Ιταλικές αρχές των Δωδεκανήσων διέλυσαν βίαια τον σύλλογο εξαιτίας της πατριωτικής δράσης του. Οι ποδοσφαιριστές του Γ.Σ. Διαγόρα Ρόδου βρήκαν στέγη σε άλλα σωματεία της πόλης της Ρόδου και στελέχωσαν τις ομάδες τους.

Επανίδρυση (1945)
Το 1945 ο Γ.Σ. Διαγόρας Ρόδου επανιδρύθηκε αμέσως μετά την λήξη του Β΄ Παγκοσμίου Πολέμου, δημιουργώντας ταυτόχρονα και το ποδοσφαιρικό του τμήμα. Υπήρξε ιδρυτικό σωματείο της νεοσύστατης Ε.Π.Σ. Δωδεκανήσου το 1947 και συμμετείχε στο τοπικό πρωτάθλημα με την υπεροχή του να είναι συντριπτική ως η μόνιμη πρωταθλήτρια στα μεταπολεμικά τοπικά πρωταθλήματα.

Συμμετείχε στο άτυπο πρωτάθλημα Β΄ Εθνικής Κατηγορίας και στο ειδικό πρωτάθλημα ανόδου για την άνοδο στην Α΄ Εθνική το 1961 και το 1962. Το 1962 δημιουργήθηκε επίσημα η Β΄ Εθνική Κατηγορία, όπου ο Γ.Σ. Διαγόρας Ρόδου συμμετείχε ως εκπρόσωπος της Ε.Π.Σ. Δωδεκανήσου έχοντας πρωταγωνιστικό ρόλο και κυνηγώντας με αξιώσεις την άνοδο. Συμμετείχε 6 συνεχείς χρονιές στο πρωτάθλημα της Β΄ Εθνικής, από το 1962-1963 μέχρι και το 1967-1968 και για 3 χρονιές (1964, 1966 και 1967) έχασε οριακά για λίγους μόνο βαθμούς την άνοδο στη Α΄ Εθνική, καθώς τερμάτισε δεύτερος.

1968–1970: Α.Σ. Ρόδου
Το 1968 με εντολή της χούντας που είχε επιβληθεί της Ελλάδας, ο Σύλλογος υποχρεώθηκε σε συγχώνευση με τον Δ.Α.Ν.Σ. Δωριέα Ρόδου και τον Α.Σ. Ροδιακό και αυτό σαν αποτέλεσμα είχε τη δημιουργία ενός νέου συλλόγου, του Α.Σ. Ρόδου.

1970–1994: Επανίδρυση του Γ.Σ. Διαγόρα Ρόδου
Το 1970 ο Γ.Σ. Διαγόρας Ρόδου επανιδρύθηκε εκ του μηδενός δημιουργώντας μεταξύ άλλων και ποδοσφαιρικό τμήμα. Τη σεζόν 1970-1971, ξεκίνησε από τη Γ΄ Κατηγορία της Ε.Π.Σ. Δωδεκανήσου και κατέκτησε 2 συνεχείς ανόδους έως την Α΄ Κατηγορία, κατακτώντας αήττητος τα πρωταθλήματα Γ΄ κατηγορίας το 1971 και Β΄ Κατηγορίας το 1972. Το 1973 κατέκτησε και το πρωτάθλημα Α΄ Κατηγορίας της Ε.Π.Σ. Δωδεκανήσου και συμμετείχε στο Ειδικό Ερασιτεχνικό Πρωτάθλημα διεκδικώντας χωρίς επιτυχία την άνοδο στη Β΄ Εθνική Κατηγορία. Το 1974 κατέκτησε για πρώτη φορά το Κύπελλο της Ε.Π.Σ. Δωδεκανήσου, επικρατώντας με 6-0 στον τελικό του Διγενή Κοσκινού και στη συνέχεια έκανε το νταμπλ, κατακτώντας και το πρωτάθλημα, ενώ μέσω του Ειδικού Ερασιτεχνικού Πρωταθλήματος πανηγύρισε την άνοδο στη Β΄ Εθνική.

Στη Β΄ Εθνική αγωνίστηκε προσωρινά το 1974-1975 όποτε και υποβιβάστηκε στο τοπικό πρωτάθλημα της Ε.Π.Σ. Δωδεκανήσου. Το 1978 αναδείχθηκε πρωταθλητής της Ε.Π.Σ. Δωδεκανήσου και κέρδισε την άνοδο στην Εθνική Ερασιτεχνική Κατηγορία για να κατακτήσει το πρωτάθλημα τη σεζόν 1979-1980 και την επάνοδο στη Β΄ Εθνική. Το 1981-1982 έφτασε στα προημιτελικά του Κυπέλλου Ελλάδας, όπου αποκλείστηκε από την Α.Ε. Λάρισας έπειτα από ισοπαλία με 0-0 στη Ρόδο και ήττα με 1-0 στη Λάρισα. Το 1986 ήταν το έτος της δικαίωσης του Διαγόρα Ρόδου, καθώς αναδείχθηκε πρωταθλητής της Β΄ Εθνικής της περιόδου 1985-1986 και κατέκτησε την πολυπόθητη άνοδο στην Α’ Εθνική Κατηγορία, όπου και αγωνίστηκε για 3 χρόνια.

Την πρώτη του χρονιά στην Α΄ Εθνική τη σεζόν 1986-1987 τερμάτισε στη 13η θέση σε σύνολο 16 ομάδων, πραγματοποιώντας ωστόσο αξιοσημείωτες νίκες εντός έδρας με σημαντικότερες τις νίκες επί των Παναθηναϊκού με 2-0, Ο.Φ.Η. με 3-0 και Π.Α.Ο.Κ. με 2-1. Παράλληλα την ίδια σεζόν 1986-1987, έφτασε μέχρι τα ημιτελικά του Κυπέλλου Ελλάδας όπου αποκλείστηκε από τον μετέπειτα κυπελλούχο Ελλάδας, Ο.Φ.Η.. Τη σεζόν 1987-1988 τερμάτισε στη 12η θέση με σύνολο 7 νίκες, 9 ισοπαλίες και 14 ήττες και την επόμενη 1988-1989 τερμάτισε στη 15η θέση και συμμετείχε στους αγώνες μπαράζ για 2 ακόμα θέσεις στην Α΄ Εθνική με αντιπάλους τους Εθνικό Πειραιώς, Απόλλων Καλαμαριάς, Π.Α.Σ. Γιάννινα, Κόρινθο και Βέροια, όπου δεν κατάφερε να κατακτήσει την παραμονή του στην Α΄ Εθνική. Κατόπιν αγωνίστηκε για 3 χρόνια στη Β΄ Εθνική μέχρι και το 1992 και έπειτα ακολούθησαν κακές αγωνιστικά χρονιές που παρέσυραν την ομάδα σε χαμηλότερες κατηγορίες, μέχρι και το πρωτάθλημα της Δ’ Εθνικής τη σεζόν 1993-1994.

1994–1998: Ένωση Ρόδου – Διαγόρα
Το 1994 ο Σύλλογος συγχωνεύτηκε με τον Α.Σ. Ρόδου και δημιούργησαν την «Ένωση Ρόδου – Διαγόρα», η οποία διαλύθηκε το 1998.

1998–Σήμερα: Επανίδρυση του Γ.Σ. Διαγόρα Ρόδου
Το 1998 ο Γ.Σ. Διαγόρας Ρόδου επανιδρύθηκε εκ νέου και τα επόμενα χρόνια η ομάδα επανήλθε σε ανοδική τροχιά. Αγωνίστηκε με επιτυχία στο πρωτάθλημα της Γ΄ Εθνικής και μετά τη λήξη της αγωνιστικής περιόδου 2007-2008 κατέκτησε το πρωτάθλημα του νοτίου ομίλου και την επάνοδο στην Β΄ Εθνική. Στη Β΄ Εθνική αγωνίστηκε για 3 χρονιές, ωστόσο όμως τα οικονομικά προβλήματα που αντιμετώπιζε, ανάγκασαν τον Διαγόρα Ρόδου να αποσυρθεί από τα επαγγελματικά πρωταθλήματα. Έλαβε μέρος στο πρωτάθλημα της Δ΄ Εθνικής τη χρονιά 2012-2013, όπου τερμάτισε τελευταίος στη 12η θέση του 9ου ομίλου και υποβιβάστηκε στο τοπικό πρωτάθλημα της Ε.Π.Σ. Δωδεκανήσου. Την περίοδο 2016-2017 κατέκτησε αήττητος το πρωτάθλημα της Ε.Π.Σ. Δωδεκανήσου και κέρδισε την άνοδο στη Γ΄ Εθνική Κατηγορία ως νταμπλούχος της Ε.Π.Σ. Δωδεκανήσου καθώς κατέκτησε επίσης και το Κύπελλο της Ε.Π.Σ. Δωδεκανήσου. Από την αγωνιστική περίοδο 2017-2018 μέχρι και την 2018-2019, αγωνίζονταν στο πρωτάθλημα της Γ΄ Εθνικής, ενώ από την περίοδο 2020-2021 αγωνίζεται στην Σούπερ Λιγκ 2. Τη σεζόν 2018-2019 συμμετείχε στο πρωτάθλημα του 6ου ομίλου της Γ΄ Εθνικής Κατηγορίας.